تستكمل لعبة ياكوزا 4 أحداث ياكوزا 3 بعد عام، وتعود باللاعب إلى طوكيو. تبدأ القصة بمقتل رجل رمياً بالرصاص في المنطقة الحاكمة لعشيرة توجو، المنظمة التي ظهرت في جميع ألعاب السلسلة حتى الآن. تحاول عصابة صغيرة تابعة لعشيرة توجو كشف ملابسات الحادثة، وسرعان ما يُعثر على زعيمها مقتولاً طعناً. تُشعل هذه الأحداث صراعاً محتدماً بين أربعة رجال على المال والسلطة والمكانة الاجتماعية والشرف. تتضح الحقيقة مع كشف الأكاذيب والخيانات والقصص المتشابكة، وعندما يجتمع هؤلاء الرجال الأربعة الصامدون، تولد أسطورة كاموروتشو الجديدة.
